MVNO各社は本日公開されたiOS9についての動作確認結果を公表している。9/17 20:00現在の主要MVNOの状況を以下にまとめた。最新情報についてはリンク先を参照されたい。

OCNモバイルONE

最新のAPN構成プロファイル（Cellular版）での動作を確認している。
「OCN モバイル ONE」 iOS 9.0端末での動作確認結果について

IIJmio

新しいAPN構成プロファイル（Cellular Payload版APN構成プロファイル）での動作を確認している。なお、IIJmioが提供するアプリ「みおぽん」に一部不具合があるとのこと。また、「みおふぉんダイアル」が起動しない場合がある。
てくろぐ: iOS 9、IIJmio SIMで全機種動作確認しました

mineo

DプランではiPhone 6/6 Plus、iPhone 5s/5cともデータ・音声・テザリングとも利用可能。AプランではiPhone 6/6 Plusではデータ・音声は可能、テザリング不可。iPhone 5s/5cでは音声のみ可能でデータ・テザリング不可。その他機種についての詳細はこちらでまとめている。
mineoでiOS9動作確認をリアルタイム更新(9/17 AM2:00～) | 王国通信 | マイネ王

b-mobile

iOS9に関して以下のページで動作確認次第情報提供としている。9/17 20:00現在、iOS9に関する情報は掲載されていない。
iPhone SIMフリー コールセンター iPhoneでSIMを使ってみたい方の疑問を解決いたします。｜日本通信b-mobile
※（9/18追記）APN構成プロファイルのインストールにより動作を確認。対応端末については動作確認端末一覧に掲載。

BIGLOBE

iOS9対応APN設定プロファイルを公開している。
【重要】「BIGLOBE LTE・3G」 iPhone用設定ファイル 再インストールのお願い ：BIGLOBE会員サポート

U-mobile

iOS9対応APN構成プロファイルを公開している。
【U-mobile】iOS9リリースに伴うAPN構成プロファイルの更新について|格安スマホ・SIMカードのU-mobile（ユーモバイル）

DMM.mobile

以下の通り公式TwitterでiOS9対応APN公開プロファイル公開をアナウンスしている。

【iOS9対応のAPN構成プロファイルを公開しました！】 ※更新の際は3G/LTE通信が切れてしまいますので、 Wi-Fiなどで通信が出来る場所で更新してください。... http://t.co/jjNVV7QAsX

— DMM mobile【公式】 (@DMM_mobile) 2015, 9月 10

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楽天モバイル

iOS9にバージョンアップした場合動作しない端末があるとアナウンスされている。
9/17 20:00現在の動作検証端末はiPhone5s、iPhone5c、iPhone6、iPhone6Plus、iPad Air 2。
楽天モバイルのSIMをiPhone/iPadでお使いのお客様へ重要なお知らせ
※（9/18追記）最新構成プロファイルに入れ替えで動作するとのこと。詳細は上記リンクより。

iPhone 6s 16GB SIMフリー版をMVNOで利用した場合の費用

iPhone 6sおよびiPhone 6s Plusについては各社とも発売後に確認するとのことだが、「データ容量おおよそ3GB程度で通話・SMS付きのプランでSIMフリー版のiPhone 6s 16GBを利用した場合」の費用試算は以下となる（実際には別途ユニバーサル料金2円がかかる）。24カ月利用した場合の費用はおおよそ13万円前後となるようだ。

通話料金の扱いについて差があるため単純な比較はできないが、au、ソフトバンク、NTTドコモが先日発表した「5分以内通話がし放題」プランを利用した場合の24カ月費用はおよそ16万4000円から19万2000円程度となる（データ通信量はauが3GB、ドコモ・ソフトバンクは5GBの場合）。各種キャンペーン、下取り割引等を考慮していないため実際にはもう少し差は小さくなる。